Njësia e Brendshme e Sigurimit të Cilësisë është një strukturë autonome, e përhershme në strukturën organizative të institucionit. Ajo përbëhet nga 5 anëtarë, Kryetari i Komisionit, një përfaqësues nga çdo fakultet, një përfaqësues nga personeli ndihmës-akademik ose ai administrativ, një përfaqësues nga organizatat studentore. Kryetari dhe pjesëtarët e Komisionit emërohen nga Senati, me propozim të Rektorit. Veprimtaritë kryesore të njësisë janë:

• Vlerëson periodikisht efikasitetin e veprimtarive mësimore e kërkimore, si dhe propozon ndryshime për përmirësime të nevojshme, mbështetur në udhëzimet e sigurimit të cilësisë në hapësirën europiane të arsimit të lartë.
• Paraqet një përmbledhje të të dhënave mbi procesin mësimor dhe mbi programet e  studimit të institucionit, sipas treguesve të caktuar në raport me standartet ekzistuese, vendase apo ndërkombëtare.
• Vlerëson koordinimin e procesit mësimor-arsimor dhe veprimtarisë kërkimore-shkencore të institucionit.
• Analizon strukturën, cilësinë dhe ngritjen akademike të stafit.
• Evidenton rezultatet positive dhe negative të KUPV në tërësi dhe të fakulteteve në veçanti.
• Siguron mjetet e nevojshme, që do të shërbejnë për kryerjen e vlerësimit.
• Siguron zgjerimin dhe rifreskimin e bazës së të dhënave të analizuara paraprakisht, e cila do të shërbejë për kryerjen e vlerësimit të jashtëm nga ekspertë dhe konsulentë, vendas apo të huaj.
• Komisioni ka autonomi operative dhe akses në të gjitha të dhënat e institucionit.
• Rezultatet e komisionit të vlerësimit publikohen.
• Organizimi dhe funksionimi i Njësisë së Brendshme të Sigurimit të Cilësisëdhe i Sistemit të Vlerësimit të Brendshëm të KUPV përcaktohen me një rregullore të veçantë.